Penubuhan kewujudan diplomatik Filipina di Persekutuan Tanah Melayu pada masa itu kali pertama dipanggil dalam Ucapan Keadaan Bangsa kedua Presiden Carlos P. Garcia,[1] yang membawa kepada pembukaan perwakilan diplomatik kemudian pada tahun berikut tidak lama selepas negara tersebut memperoleh kemerdekaan.[2] Perwakilan diplomatik tersebut kemudian dinaik taraf kepada kedutaan penuh pada tahun 1961, dengan Yusup Abubakar, ditempatkan pada masa itu ke perwakilan diplomatik Filipina di Kaherah,[3] dan beliau sedekad lebih awal dilantik sebagai konsul ke Singapura, Tanah Melayu dan Borneo Utara oleh Presiden Elpidio Quirino,[4] menjadi duta besar Filipina menetap yang pertama.[2]

Kedutaan ini diarahkan tutup dua kali pada 1960-an, kedua-duanya kerana tuntutan Sabah. Pada tahun 1963, kerajaan Filipina menutup Kedutaan dan memanggil semula semua diplomatnya tidak lama selepas pembentukan Persekutuan Malaysia, menyasarkan memaksa kerajaan Malaysia menyelesaikan pertikaian tersebut.[5] Lima tahun kemudian, Presiden Ferdinand Marcos mengarahkan Kedutaan tutup lagi selepas Senator Benigno Aquino Jr. mendedahkan pembunuhan beramai-ramai Jabidah, menyebabkan Malaysia memutuskan semua hubungan diplomatik dengan Filipina.[6] Pertingkaian tersebut menyebabkan bantahan sekali-sekala di luar Kedutaan, yang paling baru selepas krisis pencerobohan Lahad Datu 2013.[7]